南山寺始建于盛唐時(shí)期，距今已有1200多年歷史。明朝神宗皇帝賜高僧憨山大師金帑3000修葺寺院，又賜“海印”佛匾，光其門楣。兩廣總督戴耀也曾贈(zèng)題“曹溪演法六祖之道”，南山寺因此聲名遠(yuǎn)播。近代以來，由于種種原因，南山寺人跡凋零。為保護(hù)和弘揚(yáng)佛教歷史文化，滿足十方信眾朝禮受教的心愿，上級政府批準(zhǔn)重建南山寺，南山寺得以重光祖庭、延續(xù)法脈。

2005年9月，南山寺動(dòng)工重建。當(dāng)時(shí)南山寺規(guī)劃用地300畝、資金3億元。將南山寺建成古色古香、氣勢莊嚴(yán)、具有明清江南宮廷建筑風(fēng)格，融佛教人文歷史文化，集法事、講經(jīng)、修行、教育、養(yǎng)生、自然景觀、旅游休閑于一體的大型寺院是政府的目標(biāo)。

2010年10月17日，大雄寶殿的落成暨佛像開光大典翻開了南山寺嶄新的一頁。至今，南山寺已建成大雄寶殿、天王殿、念佛堂、觀音殿等殿堂，以及彌陀村（居士樓）、生命關(guān)懷園區(qū)等，建筑面積達(dá)3萬平方米。萬人念佛堂、文化長廊等也正在籌建中。

因住持釋仁煥大和尚慈悲智慧，國內(nèi)外眾多信徒紛紛慕名前來，南山寺人間佛教事業(yè)得以穩(wěn)步擴(kuò)展。近幾年，南山寺寺內(nèi)靈氣充盈，香火鼎盛，漸漸成為信眾心中向往的離苦得樂的凈土念佛道場，也成為粵西地區(qū)具有佛教文化代表的旅游圣地。1996年出版的《化州縣志》載：“佛教傳入化州時(shí)間無考，據(jù)光緒版《化州志》載，境內(nèi)建成最早的佛教寺院是宋南山寺和報(bào)恩光孝寺，可見在一千多年前佛教已在本地傳播。”據(jù)1997年出版的《茂名市志》載：“盛唐時(shí)，化州建有南山寺?！鄙鲜鰞芍緯鴮δ仙剿碌慕ㄋ聲r(shí)間有出入，但都明確指出化州有佛教文化活動(dòng)場所南山寺。據(jù)考，宋代化州南山寺的佛教文化活動(dòng)鼎盛，不僅信徒香客多，連一些官員文人學(xué)士也常到訪。著名的史學(xué)家、政治學(xué)家范祖禹就曾居住在南山寺。范祖禹（1040—1098），祖籍江蘇吳縣，英宗治平年間中進(jìn)士甲科。因受司馬光賞識(shí)，范祖禹曾參與《資治通鑒》的撰修、校訂、出版等工作，歷時(shí)15年之久。范祖禹歷任著作郎、《神宗實(shí)錄》檢討、侍講、禮部侍郎、諫議大夫、瀚林學(xué)士等職，后追封為龍圖閣學(xué)士。他為官剛直不阿，常犯顏直諫，因而得罪奸臣，被貶離京，流遷各地，元符元年（1098）徙遷化州，時(shí)任昭州別駕、化州安置。因累累謫遷，心力交瘁，范祖禹來化州后，便住進(jìn)了幽靜的南山寺。他與州地百姓及文人相處融洽。據(jù)說，范祖禹居南山寺期間，不僅研究佛學(xué)，還將中原文化向僧人和當(dāng)?shù)匚幕藗鞑ァ蓍偌t，他給予很高的評價(jià)。化州流傳著“范公識(shí)橘”的故事。他愛上了南粵這方水土。他說：橘紅氣正，南山養(yǎng)性；三生有幸，終居勝境。據(jù)化州黨史、文史研究專家陳土富考證：范祖禹病逝于城西獅子嶺南山寺中?？梢娺@佛門圣地南山寺，與一代文化名人范祖禹有緣。

據(jù)有關(guān)資料記載，明代著名高僧憨山禪師，受神宗皇帝御賜金幣三千，于南山寺修葺道場，整頓僧規(guī)，開禪接眾，隨緣度化。神宗還御賜“海印”佛匾，光耀門楣。兩廣總督戴耀題贈(zèng)：“曹溪演法六祖之道”。于是南山寺更為興旺，名聲遠(yuǎn)播。隨著歲月的流逝，時(shí)代的變遷，南山寺在人間蒸發(fā)了。它毀于何時(shí)，已無從考究。

佛寺是佛教文化的重要載體。佛教場所、勝地，也是旅游文化的重要載體。為了落實(shí)宗教政策，弘揚(yáng)佛教文化，增加旅游文化景點(diǎn)，化州市政府經(jīng)上級有關(guān)部門批準(zhǔn)，在2005年開始在該市麗崗鎮(zhèn)麗山西麓重建南山寺。麗山，距化州市區(qū)十公里，因其主峰獨(dú)尖，秀麗玉立，故又名尖崗嶺。州志稱麗山為“州之鎮(zhèn)山”，又稱“化州第一山”。麗山山上奇石、名勝古跡眾多，林海松濤、花香鳥語，自然生態(tài)保護(hù)尚好。清道光年間狀元林召棠曾登臨麗山，手書“瞿鳥兆高飛”五字在石上。這刻石至今仍存在山上。麗山山腰還有紀(jì)念“中國巾幗英雄第一人”冼夫人的冼太夫人廟。麗山鐘靈毓秀，選麗山的西麓建南山寺，實(shí)在是明智之舉。據(jù)說，重建南山寺的發(fā)起人龐居士和南山寺現(xiàn)任主持釋仁煥大師在選寺址時(shí)，從化州市區(qū)出發(fā)，一路驅(qū)車北行。當(dāng)來到麗山西麓前面的一段鄉(xiāng)道時(shí)，汽車突然熄火，司機(jī)弄了好一陣，仍無法啟動(dòng)。車上幾人下來推車，只輕輕一推，車便啟動(dòng)了。由于汽車出現(xiàn)異常，司機(jī)掉頭返回，僅行駛200米，車又熄火了。龐居士等人心有所悟，則下車沿著麗山西麓山腰踏行，豁然見到兩塊光亮的山石，狀如綻放的蓮花瓣；周圍樹木蔥籠、鳥語花香；山前沃野千頃、清溪流泉；遠(yuǎn)處山脈像騰龍、氣勢非凡。好一處靈氣寶地！于是他們決定把佛寺建在這里。奇怪的是，當(dāng)他們坐上汽車回去時(shí)，車則順利啟動(dòng)了。回到城區(qū)后，司機(jī)開車去修理廠請修車師傅查看，卻沒發(fā)現(xiàn)任何故障。這種情況盡管是一種巧合，也屬于奇聞軼事。

重建的南山寺，用地300畝，預(yù)算耗資3億元。所有耗費(fèi)全憑善者仁人解囊捐資。南山寺初定計(jì)劃用八年時(shí)間完成，分三期進(jìn)行。按標(biāo)準(zhǔn)設(shè)計(jì)圖，首期觀音殿、四合院工程及天皇殿工程已竣工開光，呈現(xiàn)出古色古香、雄偉肅穆景象，吸引眾多香客和游人。大雄寶殿工程正在籌建。還有三圣殿、祖師殿、藏經(jīng)閣、羅漢樓、靜修堂、彌陀村、海會(huì)塔、九龍壁等近20多個(gè)建筑物，得分批建造。整個(gè)工程竣工后，南山寺成為南國佛教文化的一顆璀璨明珠。