學院創(chuàng)建于1947年8月，前身為中央工委青年干部訓練班。70多年來，先后經歷了張家口軍委工程學校、北京電子?？茖W校、北京電子科技學院等發(fā)展時期。2003年，學院與西安電子科技大學開展聯(lián)合培養(yǎng)學術型碩士研究生。2011年，學院獨立開展碩士專業(yè)學位研究生培養(yǎng)試點工作。2018年，學院獲批碩士學位授予單位，同年，學院與中國科學技術大學、北京郵電大學聯(lián)合開展博士研究生教育。2021年，學院獲批博士學位授予單位。
截至2019年9月，學院現(xiàn)有4個系和2個教學部：密碼科學與技術系、網(wǎng)絡空間安全系、電子與通信工程系、密碼保密管理系、思想政治理論教學研究部和人文社會科學教學研究部。下設8個本科專業(yè)：信息安全、密碼科學與技術、電子信息工程、計算機科學與技術、通信工程、網(wǎng)絡空間安全、保密管理和行政管理。學院現(xiàn)有1個網(wǎng)絡空間安全一級學科博士學位授權點和3個碩士學位授權點:網(wǎng)絡空間安全、電子信息、公共管理（MPA），其中電子信息專業(yè)學位授權點包括新一代電子信息技術(含量子技術等)、通信工程(含寬帶網(wǎng)絡、移動通信等)、計算機技術等3個領域。同時，與中國科學技術大學、北京郵電大學聯(lián)合培養(yǎng)網(wǎng)絡空間安全學術型博士，與西安電子科技大學繼續(xù)聯(lián)合培養(yǎng)信息與通信工程、計算機科學與技術學術型碩士。
1947年8月，北京電子科技學院的前身——中央工委青年訓練班在河北省平山縣西柏坡成立。并先后更名為南京機要學校、北京機要學校、宣化機要學校。
1981年，經國務院批準成立北京電子?？茖W校，校址設在小湯山。
1983年下半年，遷至半壁店，并正式對外公開招收大專生。
1948年，中央機關文化補習學校創(chuàng)建。毛澤東擔任名譽校長，劉少奇擔任第一任校長。
1954年，中央機關文化補習學校更名為中南海機關業(yè)余學校。后因故停辦。
1978年，十一屆三中全會后，由胡耀邦同志倡議恢復學校。
1981年，學校正式恢復。
1983年，中南海機關業(yè)余學校升格為中南海業(yè)余大學。
1988年，中南海業(yè)余大學參與合并組建首都聯(lián)合職工大學。
1993年，首都聯(lián)合職工大學（原中南海業(yè)余大學部分）改建為中南海業(yè)余大學。中央辦公廳決定將中南海業(yè)余大學并入北京電子科技學院，與之合署辦公。
1992年，經國家教委批準，在北京電子專科學校的基礎上，建立北京電子科技學院，開始招收本科生，并增設函授教育。江澤民同志還為學院題寫了校名。
1999年2月，學校遷至豐臺新校園。
2003年，教育部批準學院與西安電子科技大學開展聯(lián)合培養(yǎng)密碼學碩士學位研究生工作。
2004年，開始與西安電子科技大學聯(lián)合招收全國統(tǒng)考碩士學位研究生；開始為西北六省區(qū)和新疆生產建設兵團開辦定向?？瓢?。
2011年1月19日，學院與西安電子科技大學簽訂了增補專業(yè)聯(lián)合培養(yǎng)碩士學位研究生協(xié)議，聯(lián)合培養(yǎng)學術性研究生學科在單一的密碼學基礎上增加通信與信息系統(tǒng)、計算機應用技術學科。10月17日通過了“服務國家特殊需求人才培養(yǎng)項目”試點工作審核，獲準在“電子與通信工程”、“計算機技術”兩個工程領域開展碩士專業(yè)學位研究生教育工作。
2012年，入選國家級大學生創(chuàng)新創(chuàng)業(yè)訓練計劃高校。
2018年3月，學校入選教育部國家級新工科研究與實踐項目。
以上信息源自官網(wǎng)，數(shù)據(jù)截止至2023年6月，請以官網(wǎng)為準！
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