上海交通大學(xué)醫(yī)學(xué)院附屬第九人民醫(yī)院的前身“伯特利醫(yī)院”創(chuàng)建于1920年。1952年更名為上海第九人民醫(yī)院，1964年正式成為原上海第二醫(yī)學(xué)院附屬醫(yī)院，2005年上海第二醫(yī)科大學(xué)與上海交通大學(xué)合并，更名為上海交通大學(xué)醫(yī)學(xué)院附屬第九人民醫(yī)院。2014年11月，經(jīng)上海市人民政府同意，上海交通大學(xué)醫(yī)學(xué)院附屬第九人民醫(yī)院與上海交通大學(xué)醫(yī)學(xué)院附屬第三人民醫(yī)院（前身寶鋼醫(yī)院，三級綜合性醫(yī)院）資源整合，統(tǒng)一布局，統(tǒng)一管理。2015年10月，上海市機(jī)構(gòu)編制委員會批復(fù)市教委同意上海交通大學(xué)醫(yī)學(xué)院附屬第三人民醫(yī)院整建制并入上海交通大學(xué)醫(yī)學(xué)院附屬第九人民醫(yī)院。（以下簡稱“九院”）

九院是經(jīng)上海市衛(wèi)生局核準(zhǔn)登記的政府主辦的非營利性三級甲等綜合性醫(yī)院。醫(yī)院有南部院區(qū)（制造局路639號）、北部院區(qū)（漠河路280號）、浦東院區(qū)（高科西路1908號）、浦東科教園區(qū)（錦尊路115號）和祝橋院區(qū)（云亭路99號）。醫(yī)院承擔(dān)本市區(qū)域基本醫(yī)療服務(wù)，主要從事急危重癥和疑難疾病的救治，是上海市120的定點(diǎn)醫(yī)院，上海市口腔干部保健醫(yī)療定點(diǎn)醫(yī)院。

九院總占地面積277.9畝，總建筑面積49.9萬平方米?？偤硕ù参粩?shù)2150張，口腔綜合椅位1000張。臨床科室64個，其中醫(yī)技科室11個。全院職工5160人。九院擁有5位中國工程院院士：著名整復(fù)外科專家張滌生教授、口腔頜面外科專家邱蔚六教授、骨科專家戴尅戎教授、口腔頜面頭頸腫瘤專家張志愿教授、眼眶病眼腫瘤專家范先群教授，醫(yī)院現(xiàn)已成為一所學(xué)科特色鮮明、具備一定臨床科技創(chuàng)新核心競爭力、國內(nèi)知名的三級甲等綜合性醫(yī)院。

九院學(xué)科建設(shè)水平不斷發(fā)展。是國家口腔醫(yī)學(xué)中心和口腔疾病國家臨床醫(yī)學(xué)研究中心依托建設(shè)單位，醫(yī)院有口腔臨床醫(yī)學(xué)、整復(fù)外科、骨科等3個國家重點(diǎn)學(xué)科，口腔基礎(chǔ)醫(yī)學(xué)為國家重點(diǎn)培育學(xué)科。骨科、口腔頜面外科、牙體牙髓科、牙周病科、口腔修復(fù)科、眼科、整復(fù)外科、口腔正畸科、口腔黏膜病科、介入科、耳鼻咽喉頭頸外科等15個國家臨床重點(diǎn)?？?；上海市臨床重點(diǎn)?？?個；上海市教委IV類“高峰學(xué)科”1項(xiàng)；上海市教委“高峰高原學(xué)科”建設(shè)項(xiàng)目1項(xiàng)。擁有口腔醫(yī)學(xué)、整復(fù)外科與組織工程學(xué)等3個教育部211工程重點(diǎn)學(xué)科；口腔病、整復(fù)外科、關(guān)節(jié)外科等3個上海市臨床醫(yī)學(xué)中心；上海市口腔疾病臨床醫(yī)學(xué)研究中心、上海市整形與修復(fù)重建臨床醫(yī)學(xué)研究中心等2個上海市臨床醫(yī)學(xué)研究中心；上海市口腔疾病研究中心、上海市眼部疾病研究中心、上海市聽覺與耳神經(jīng)顱底外科研究中心、上海市整形外科研究中心、上海市骨科數(shù)字醫(yī)學(xué)研究中心等5個上海市重中之重研究中心?？谇火つげ】屏袨閲抑嗅t(yī)藥管理局重點(diǎn)?？?、國家中西醫(yī)協(xié)同旗艦科室；血管外科為全國第一批外周血管介入診療培訓(xùn)基地；組織工程學(xué)、口腔頜面外科學(xué)為上海市重點(diǎn)學(xué)科（優(yōu)勢學(xué)科）、口腔修復(fù)和生物材料學(xué)為上海市重點(diǎn)學(xué)科（特色學(xué)科），口腔基礎(chǔ)醫(yī)學(xué)、眼科學(xué)為上海市重點(diǎn)學(xué)科；修復(fù)重建外科為上海市“重中之重”臨床醫(yī)學(xué)中心；康復(fù)醫(yī)學(xué)、急診與危重病學(xué)為上海衛(wèi)生計(jì)生系統(tǒng)重要薄弱學(xué)科；中醫(yī)口腔黏膜病學(xué)為上海市中醫(yī)藥新興交叉學(xué)科。眼科、耳鼻喉科學(xué)為上海市“重中之重”臨床重點(diǎn)學(xué)科；內(nèi)分泌科、麻醉科、泌尿外科為上海交通大學(xué)醫(yī)學(xué)院重點(diǎn)學(xué)科；醫(yī)院掛牌中國房顫中心，是上海交通大學(xué)血管病診治中心、疝與腹壁外科疾病診治中心單位，神經(jīng)內(nèi)科是上海市腦卒中預(yù)防與救治中心之一。